Foglietto embrionale formato attraverso un processo di introflessione della lamina embrionale, all'inizio della terza settimana di vita intrauterina. Da esso prende origine l'epitelio dell'apparato digerente e le ghiandole a questo annesse. In particolare, l'endoderma dà origine all'intestino primitivo (anteriore, medio e posteriore), da cui prendono vita l'epitelio dell'apparato respiratorio, dell'apparato digerente e delle ghiandole ad esso annesse (fegato, pancreas, ecc.) e di una parte dell'apparato urinario (vescica urinaria e uretra).