Lesione di organo o tessuto causata da un processo autoimmune: autoanticorpi o linfociti T autoreattivi che reagiscono con dei determinanti antigenici di componenti (tessuti o organi) del proprio corpo. Può essere causata dall'esposizione di antigeni cellulari o tissutali in precedenza non esposti , dalla comparsa di nuovi antigeni corporei in seguito a modifiche degli antigeni cellulari normali, dalla modificazione di antigeni corporei sotto stimoli microbici. Tra le malattie autoimmuni si annoverano la sclerosi multipla (mediata da cellule T), l'anemia emolitica autoimmune, le tiroiditi autoimmuni, la malattia di Graves, il lupus eritematoso sistemico (LES), l'artrite reumatoide, la miastenia grave (tutte anticorpo-mediate).